A expressão abaixo é correta?

É correto escrever no cabeçalho de um relatório - 'Relatório de saída de documentos'?

Depende. Todo título, por si, é a primeira explicação de qualquer tipo de texto, seja documento, relatório, texto literário, jornalístico, listas, bulas de remédios, receita de comidas, etc. Se o relatório em questão estiver se referindo a saída de documentos, ou seja, se a firma expede documentos isso está correto - seja controle externo ou interno, não importa. Se por acaso, o que ela está querendo controlar é saída de mercadorias, então, o correto seria 'Relatório de saída de mercadorias' 'Relatório de saída de serviços', "Relatório de saída de peças', etc.