O verbo 'tratar":
No 1º caso - 'trata-se', significa 'estar em questão'; 'em causa'. Ex:
« Esta proposta trata-se de um projeto..» (= correto)
No 2º caso - 'tratar de', significa: 'discutir', 'debater', se houver um sujeito 'agente', i.e, um ser que 'age', 'com vontade própria' etc., aí, sim, pode vir seguido do 'de'. Ex: Ex: «Fulano, desta vez, quis tratar de todas as questões importantes.»
3º caso: está correto ( .. refere-se à proposta (com crase))
4º caso: «... uma proposta que trata de ...( não está correto, pois a palavra 'proposta' não tem traço de atividade/agentividade) O correto é « uma proposta, que trata-se de...» (= objetiva-se a...)