Retomamos as frases:
(1) «A criação de associações e, na forma da lei, a de cooperativas independem de autorização.»
(2) «São gratuitas as ações de "habeas-corpus" e "habeas-data", e, na forma da lei, os atos necessários ao exercício da cidadania.»
Em (1), depois do "e" vem uma expressão adverbial deslocada da sua posição correta, por isso, ela está 'entre vírgulas'.
Em (2), a vírgula antes do "e" marcou uma pausa necessária para amenizar um pouco o peso da frase, causado pelo outro 'e' marcado anteriormente (habeas-corpus e habeas-data). Da mesma forma, a expressão adverbial está, novamente, marcada entre vírgulas.