Cocô é um vocábulo terminado em vogal tônica – esses vocábulos fazem o diminutivo em '-zinho': cocô/cocozinho, urubu/urubuzinho. Ver Sufixos diminutivos
Coco é um vocábulo terminado em sílaba átona – esses fazem o diminutivo em '-inho': livro/livrinho, caneta/canetinha, etc. O fato de trocar a consoante 'c' para 'q' é por questões fonéticas, senão ficaria cocinho e não corresponderia mais ao significado.